K. S. Ramamurthi, G. Storz, and . Biol, , vol.12, p.96, 2014.

G. Storz, Y. I. Wolf, and K. S. Ramamurthi, Annu. Rev. Biochem, vol.83, p.753, 2014.

M. Su, Y. Ling, J. Yu, J. Wu, J. Xiao et al., , 2013.

Q. Chu, J. Ma, and A. Saghatelian, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol, vol.50, p.134, 2015.

A. Saghatelian and J. P. Couso, Nat. Chem. Biol, p.909, 2015.

S. J. Andrews and J. A. , Nat. Rev. Genet, vol.15, p.193, 2014.

C. R. Landry, X. Zhong, L. Nielly-thibault, and X. Roucou, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.32, p.74, 2015.

J. I. Pueyo, E. G. Magny, and J. P. Couso, Trends Biochem. Sci, p.665, 2016.

X. Yang, T. J. Tschaplinski, G. B. Hurst, and S. Jawdy, Genome Res, 2011.

A. Staudt, S. Wenkel, and . Embo-rep, , vol.12, p.35, 2011.

S. Feller, Cell Commun. Signal, vol.10, p.42, 2012.

M. Ericson, M. A. Janes, F. Butter, M. Mann, E. Ullu et al., BMC Biol, vol.12, p.14, 2014.

R. P. Hellens, C. M. Brown, M. A. Chisnall, P. M. Macknight, and R. Waterhouse, Trends Plant Sci, vol.21, p.317, 2016.

A. Goffeau, B. G. Barrell, H. Bussey, R. W. Davis, B. Dujon et al., Science, vol.274, p.563, 1996.

P. Carninci, T. Kasukawa, S. Katayama, and J. Gough, Science, vol.309, p.1559, 2005.

B. Vanderperre, J. Lucier, C. Bissonnette, J. Motard, G. Tremblay et al., PLoS One, issue.8, p.70698, 2013.

M. Chalick, O. Jacobi, E. Pichinuk, C. Garbar, A. Bensussan et al., PLoS One, vol.11, p.165031, 2016.

B. Vanderperre, A. B. Staskevicius, G. Tremblay, M. Mccoy, M. A. O'neill et al., , 2011.

D. Bergeron, C. Lapointe, C. Bissonnette, G. Tremblay, J. Motard et al., J. Biol. Chem, 2013.

A. Raj, S. H. Wang, H. Shim, A. Harpak, Y. I. Li et al., , vol.5, p.13328, 2016.

M. E. Dinger, K. C. Pang, T. R. Mercer, and J. S. Mattick, PLoS Comput. Biol, 2008.

I. Ulitsky and D. P. Bartel, Cell, vol.154, p.26, 2013.

H. Mouilleron, V. Delcourt, and X. Roucou, Nucleic Acids Res, vol.44, p.14, 2015.

N. T. Ingolia, L. F. Lareau, and J. S. Weissman, Cell, vol.147, p.789, 2011.

S. Lee, B. Liu, S. Lee, S. X. Huang, B. Shen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.109, p.2424, 2012.

N. T. Ingolia, G. A. Brar, N. Stern-ginossar, M. S. Harris, G. J. Talhouarne et al., Cell Rep, vol.8, p.1365, 2014.

A. P. Fields, E. H. Rodriguez, M. Jovanovic, N. Stern-ginossar, B. J. Haas et al., Mol. Cell, p.816, 2015.

A. A. Bazzini, T. G. Johnstone, R. Christiano, S. D. Mackowiak, B. Obermayer et al., EMBO J, p.981, 2014.

J. Crappé, E. Ndah, A. Koch, S. Steyaert, D. Gawron et al., Nucleic Acids Res, p.29, 2015.

L. Calviello, N. Mukherjee, E. Wyler, H. Zauber, A. Hirsekorn et al., Nat. Methods, vol.13, p.165, 2016.

G. A. Brar and J. S. Weissman, Nat. Rev. Mol. Cell Biol, vol.16, p.651, 2015.

G. Menschaert, W. Van-criekinge, T. Notelaers, A. Koch, J. Crappe et al., Mol. Cell. Proteomics, vol.12, p.1780, 2013.

A. Koch, D. Gawron, S. Steyaert, E. Ndah, J. Crappe et al., Proteomics, vol.14, p.2688, 2014.

J. Ma, C. C. Ward, I. Jungreis, S. A. Slavoff, A. G. Schwaid et al., J. Proteome Res, vol.13, p.1757, 2014.

D. M. Anderson, K. M. Anderson, C. Chang, C. A. Makarewich, B. R. Nelson et al., Cell, vol.160, p.595, 2015.

E. G. Magny, J. I. Pueyo, F. M. Pearl, M. A. Cespedes, J. E. Niven et al., Science, vol.341, p.1116, 2013.

B. R. Nelson, C. A. Makarewich, D. M. Anderson, B. R. Winders, C. D. Troupes et al., Science, p.271, 2016.

T. Kondo, S. Plaza, J. Zanet, E. Benrabah, P. Valenti et al., Science, p.336, 2010.

T. Kondo, Y. Hashimoto, K. Kato, S. Inagaki, S. Hayashi et al., Nat. Cell Biol, vol.9, p.660, 2007.

A. Pauli, M. L. Norris, E. Valen, G. Chew, J. A. Gagnon et al., Science, vol.343, p.1248636, 2014.

S. C. Chng, L. Ho, J. Tian, and B. Reversade, Dev. Cell, p.672, 2013.

R. Aebersold and M. Mann, Nature, vol.422, 0198.

J. M. Mudge and J. Harrow, Nat. Rev. Genet, vol.17, p.758, 2016.

M. Yandell and D. Ence, Nat. Rev, vol.13, p.329, 2012.

E. De-klerk and P. A. Hoen, Trends Genet, p.128, 2015.

N. A. O'leary, M. W. Wright, J. R. Brister, S. Ciufo, D. Haddad et al., Nucleic Acids Res, p.733, 2016.

B. L. Aken, P. Achuthan, B. L. Aken, W. Akanni, M. R. Amode et al., Nucleic Acids Res, p.635, 2017.

C. M. Farrell, N. A. O'leary, R. Harte, J. E. Loveland, L. G. Wilming et al., Nucleic Acids Res, p.865, 2014.

A. M. Michel, G. Fox, A. Kiran, C. Bo, P. B. O'connor et al., Nucleic Acids Res, p.859, 2014.

D. F. Rolfe and G. C. Brown, Physiol. Rev, vol.77, p.731, 1997.

J. L. Woolford and S. J. Baserga, Genetics, p.643, 2013.

E. Thomson, S. Ferreira-cerca, and E. Hurt, J. Cell Sci, vol.126, p.4815, 2013.

M. J. Moore, Science, vol.309, p.1514, 2005.

M. C. Frith, A. R. Forrest, E. Nourbakhsh, K. C. Pang, C. Kai et al., PLoS Genet, 2006.

J. Wan and S. B. Qian, Nucleic Acids Res, vol.42, p.845, 2014.

Y. Hao, L. Zhang, Y. Niu, T. Cai, J. Luo et al., , p.5, 2017.

V. Olexiouk, J. Crappé, S. Verbruggen, and K. Verhegen, Nucleic Acids Res, vol.44, p.324, 2016.

C. Grenier, C. Bissonnette, L. Volkov, and X. Roucou, J. Neurochem, p.1456, 2006.

S. Beaudoin, B. Vanderperre, C. Grenier, I. Tremblay, F. Leduc et al., Biochim. Biophys. Acta, p.335, 2009.

K. Goggin, S. Beaudoin, C. Grenier, A. A. Brown, and X. Roucou, Biochim. Biophys. Acta, p.479, 2008.

Y. Morice, M. Ratinier, A. Miladi, S. Chevaliez, G. Germanidis et al., Hepatology, vol.49, p.1449, 2009.

S. B. Park, S. Seronello, W. Mayer, and D. M. Ojcius, PLoS One, vol.11, p.158419, 2016.

S. K. Samrat, W. Li, S. Singh, R. Kumar, and B. , PLoS One, vol.9, p.86567, 2014.

X. Xu, X. Yu, X. Deng, M. Yue, J. Zhang et al., ZhangMol. Med. Rep, vol.9, p.730, 2014.

G. Faggioni, A. Pomponi, R. De, L. Santis, A. Masuelli et al., , vol.9, p.283, 2012.

A. E. Firth, I. Brierley, J. Gen, and . Virol, , vol.93, p.1385, 2012.

H. J. Kwun, T. Toptan, S. Ramos-da-silva, J. F. Atkins, P. S. Moore et al., Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.111, p.4342, 2014.

N. Stern-ginossar and N. T. Ingolia, Annu. Rev. Virol, vol.2, p.335, 2015.

J. Abramowitz, D. Grenet, M. Birnbaumer, H. N. Torres, and L. Birnbaumer, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.101, p.8366, 2004.

M. Klemke, R. H. Kehlenbach, and W. B. Huttner, EMBO J, vol.20, p.3849, 2001.

C. F. Lee, H. L. Lai, Y. C. Lee, C. L. Chien, and Y. Chern, J. Biol. Chem, p.1257, 2014.

A. M. Michel, K. R. Choudhury, A. E. Firth, N. T. Ingolia, J. F. Atkins et al., , 2012.

W. Chung, S. Wadhawan, R. Szklarczyk, S. K. Pond, and A. Nekrutenko, PLoS Comput. Biol, vol.3, p.91, 2007.

S. Ribrioux, A. Brüngger, B. Baumgarten, K. Seuwen, and M. R. John, BMC Genomics, vol.9, p.122, 2008.

H. Xu, P. Wang, Y. Fu, Y. Zheng, Q. Tang et al., Cell Res, p.445, 2010.

C. Li, K. Goudy, M. Hirsch, A. Asokan, Y. Fan et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, vol.106, p.10770, 2009.

M. J. Kracht, M. Van-lummel, T. Nikolic, A. M. Joosten, S. Laban et al., CarlottiE. J. de KoningR. C. HoebenA. ZaldumbideB. O. Roep, p.501

D. E. Andreev, P. B. O'connor, C. Fahey, E. M. Kenny, I. M. Terenin et al., , 2015.

S. Prabakaran, M. Hemberg, R. Chauhan, D. Winter, R. Y. Tweedie-cullen et al., Nat. Commun, vol.5, p.5429, 2014.

J. E. Smith, J. R. Alvarez-dominguez, N. Kline, N. J. Huynh, S. Geisler et al., Cell Rep, vol.7, p.1858, 2014.

Z. Ji, R. Song, A. Regev, and K. Struhl, , 2015.

S. D. Mackowiak, H. Zauber, C. Bielow, D. Thiel, K. Kutz et al., Genome Biol, p.179, 2015.

J. Ruiz-orera, X. Messeguer, J. A. Subirana, and M. M. Alba, , vol.3, p.3523, 2014.

J. L. Aspden, Y. C. Eyre-walker, R. J. Philips, U. Amin, M. A. Mumtaz et al., , vol.3, p.3528, 2014.

A. Popa, K. Lebrigand, P. Barbry, and R. Waldmann, BMC Genomics, vol.17, p.52, 2016.

K. Wethmar, A. Barbosa-silva, M. A. Andrade-navarro, and A. Leutz, Nucleic Acids Res, vol.42, p.60, 2014.

M. I. Galindo, J. I. Pueyo, S. Fouix, S. A. Bishop, and J. P. Couso, PLoS Biol, vol.5, p.106, 2007.

. Sa, J. Slavoff, . Heo, . Ba, L. Budnik et al., J. Biol. Chem, p.10950, 2014.

A. Matsumoto, A. Pasut, M. Matsumoto, R. Yamashita, J. Fung et al., Nature, vol.541, p.228, 2017.

N. G. Lima, J. Ma, L. Winkler, Q. Chu, K. H. Loh et al., Nat. Chem. Biol, p.174, 2017.

J. I. Pueyo, E. G. Magny, C. J. Sampson, U. Amin, I. R. Evans et al., J. P. CousoPLoS Biol, vol.14, p.1, 2016.

J. J. Quinn and H. Y. Chang, Nat. Rev. Genet, vol.17, p.47, 2015.

M. Kozak, Gene, vol.299, p.1, 2002.

S. Schleich, K. Strassburger, P. C. Janiesch, T. Koledachkina, K. K. Miller et al., Teleman, Nature, vol.512, p.208, 2014.

S. A. Chappell, G. M. Edelman, and V. P. Mauro, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, p.18077, 2006.

F. Martin, S. Barends, S. Jaeger, L. Schaeffer, L. Prongidi-fix et al., Mol. Cell, p.41, 0197.

K. Y. Paek, K. Y. Hong, I. Ryu, S. M. Park, S. J. Keum et al., Proc. Natl. Acad. Sci, vol.112, p.1041, 2015.

D. E. Andreev, P. B. O'connor, A. V. Zhdanov, R. I. Dmitriev, I. N. Shatsky et al., Genome Biol, vol.16, p.90, 2015.

A. Sendoel, J. G. Dunn, E. H. Rodriguez, S. Naik, N. C. Gomez et al., Nature, p.494, 2017.

S. A. Slavoff, A. J. Mitchell, A. G. Schwaid, M. N. Cabili, J. Ma et al., Nat. Chem. Biol, issue.9, p.59, 2013.

J. Zanet, E. Benrabah, T. Li, A. Pélissier-monier, H. Chanut-delalande et al., , vol.349, p.1356, 2015.

. Ma, P. Basrai, J. D. Hieter, and . Boeke, Genome Res, vol.7, p.768, 1997.

M. Oyama, C. Itagaki, H. Hata, Y. Suzuki, T. Izumi et al., Genome Res, vol.14, 2004.

L. E. Cabrera-quio, S. Herberg, A. Pauli, and . Biol, , vol.13, p.1051, 2016.

J. Crappé, W. Van-criekinge, G. Trooskens, E. Hayakawa, W. Luyton et al., MenschaertBMC Genomics, vol.14, p.648, 2013.

A. M. Michel, P. V. Baranov, and W. Interdiscip, Rev. RNA, issue.4, p.473, 2013.

G. Menschaert, W. Van-criekinge, T. Notelaers, A. Koch, J. Crappé et al., Cell. Proteomics, vol.12, p.1780, 2013.

V. Olexiouk and G. Menschaert, Adv. Exp. Med. Biol, p.49, 2016.

J. Ma, J. K. Diedrich, I. Jungreis, C. Donaldson, J. Vaughan et al., A. SaghatelianAnal. Chem, vol.88, p.3967, 2016.

A. I. Nesvizhskii, Nat. Methods, vol.11, p.1114, 2014.

J. W. Fickett, J. Comput. Biol, 1995.

H. Cheng, W. S. Chan, Z. Li, D. Wang, S. Liu et al., ZhouCurr. Protein Pept. Sci, vol.12, p.503, 2011.

A. Mitchell, H. Chang, L. Daugherty, M. Fraser, S. Hunter et al., S. LiuNucleic Acids Res, p.213, 2015.

P. M. Viallet and T. Vo-dinh, Curr. Protein Pept. Sci, vol.4, p.375, 2003.