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La mise en place de bases de données des génotypes circulants du complexe Mycobacterium tuberculosis et des outils web permettant de mieux surveiller, comprendre et contrôler l'épidémie de la tuberculose dans le monde

David Couvin 1 Nalin Rastogi 1, *
* Corresponding author
Résumé : Dans cet article, nous présenterons rapidement plusieurs bases de données de génotypage du complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC), élaborées au cours des quinze dernières années à l'Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG), dans le cadre d'une grande initiative concertée visant à lutter contre l'épidémie mondiale de la tuberculose. De la toute première version au format Excel en 1999 (SpolDB1 ; n = 610 isolats cliniques) à la quatrième au format MySQL en 2006 (SpolDB4; n = 39 295 isolats cliniques), ces bases de données ont brossé un premier tableau de la phylogéographie des lignées génotypiques de MTBC en circulation, en utilisant le typage oligonucléotidique des espaceurs (spoligotypage) qui permet d'étudier le polymorphisme du locus DR (Direct Repeat). Les deux dernières versions multimarqueurs sous MySQL constituent respectivement la 5 ème version de SITVITWEB, publiée en 2012 (n = 62 582 isolats cliniques), qui repose sur le spoligotypage et le typage MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units/Variable Number of Tandem Repeats) 12 loci, et la 6ème version, dénommée SITVIT2, qui sera publiée en 2014 (n = 111 635 isolats cliniques) et qui contient des données de spoligotypage et de MIRU-VNTR 12, 15 ou 24 loci. Sur ces dernières versions, une interface en ligne permet à l'utilisateur de rechercher des souches dans la base de données au moyen de critères tels que l'année, le pays d'isolement, le pays d'origine ou le nom du chercheur. Cette interface permet en outre d'effectuer des recherches mixtes dans SITVIT2, permettant d'obtenir les données de génotypage de certaines souches, conjointement avec leur répartition géographique, ainsi que les données disponibles sur la résistance aux antibiotiques ou les caractéristiques démographiques et épidémiologiques. Notre initiative de recherche a ainsi pour but d'améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l'épidémiologie des clones en circulation, afin d'élaborer une cartographie géographique factuelle des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l'échelle nationale et régionale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d'information géographique (SIG) dressera un portrait précis des disparités actuelles par sous-région, selon la classification des Nations Unies. Il est important de comprendre le détail de ces disparités et faiblesses pour que les décideurs politiques et les autorités de santé publique puissent prendre les mesures qui s'imposent pour mieux surveiller, comprendre et contrôler l'épidémie mondiale de la tuberculose.
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https://hal-riip.archives-ouvertes.fr/pasteur-01044645
Contributor : Nalin Rastogi <>
Submitted on : Thursday, July 24, 2014 - 12:03:20 AM
Last modification on : Monday, October 8, 2018 - 5:44:05 PM
Long-term archiving on: : Tuesday, April 11, 2017 - 5:19:51 PM

File

EuroReference_2014_n12_pp40-53...
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Identifiers

  • HAL Id : pasteur-01044645, version 1

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Citation

David Couvin, Nalin Rastogi. La mise en place de bases de données des génotypes circulants du complexe Mycobacterium tuberculosis et des outils web permettant de mieux surveiller, comprendre et contrôler l'épidémie de la tuberculose dans le monde. EuroReference - Les Cahiers de la Référence, ANSES - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), 2014, 2014 (12), pp. 40-53. ⟨pasteur-01044645⟩

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