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Journal Articles Annales de Biologie Clinique Year : 2012

[Genetic variability of type 3 echoviruses].

Variabilité génétique des échovirus de type 3

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Abstract

The aim of the present work was to assess the genetic and antigenic variability in the VP1 region of type 3 echviruses (E-3), an enterovirus serotype associated to meningitis, neuro-muscular diseases and type 1 diabetes in human. Forty-six VP1 sequences of E-3, among which 9 were isolated in tunisian infants, were included. Phylogenetic analyses and nucleotidic divergence rates were studied in the complete VP1 region and in a 290-nucleotides fragment in the 5' part of the P1. Aminoacid sequences were deduced in the aim to identify genotype-specific antigenetic determinants. E-3 sequences divided into two genogroups, I and II; the genetic variability within the E-3 serotype reached 29.1%. Genogroup I included sequences with a relatively high genetic diversity among each other, some of them grouped in one genotype with at most 15.1% divergence rate. The sequences included in Genogroup II have a maximum of 13.8% divergence corresponding probably to only one genotype. The two genogroups have a concomitant circulation and a wide geographical and temporal distribution. Aminoacid substitutions that may be specific to genogroups, genotypes and special variant were noted. This work provides a first tentative of classification of E-3 into genogroups and genotypes and reports new E-3 sequences from North Africa. It contributes to a better understanding of the molecular epidemiology of human enteroviruses, and of Echoviruses type 3 in particular, a serotype that remains insufficiently studied in the international literature.
Ce travail a pour but d’étudier la variabilité génétique et antigénique dans la région VP1 des échovirus de type 3 (E-3), sérotype d’entérovirus incriminé dans des cas de méningites, d’atteintes neuromusculaires et de diabète de type 1 chez l’homme. Quarante-six séquences VP1 de souches E-3, dont 9 isolées chez des enfants tunisiens ont été incluses. Analyses phylogénétiques et taux de divergence nucléotidique ont été étudiés sur la totalité de la VP1 et sur une portion de 290 nucléotides dans la partie 5’ de la VP1. Les séquences en acides aminés ont été déduites à la recherche de déterminants antigéniques spécifiques de génotypes. Les séquences E-3 se sont réparties en deux génogroupes, I et II ; la variabilité génétique globale au sein du sérotype atteint 29,1 %. Le génogroupe I comporte des séquences assez hétérogènes, certaines se regroupent en un génotype avec au plus 15,1 % de divergence. Les séquences du génogroupe II ont un maximum de divergence de 13,8 % et correspondraient à un seul génotype. Les deux génogroupes co-circulent et ont une distribution temporospatiale à large étendue. Des substitutions d’acides aminés, pouvant être spécifiques de génogroupe, de génotype ou de variants particuliers, ont été relevées. Ce travail est une première tentative de classification des E-3 en génogroupes et génotypes et rapporte de nouvelles séquences d’origine nord-africaine. Il contribue à une meilleure connaissance de l’épidémiologie moléculaire des entérovirus en général et des E-3 en particulier, sérotype jusque-là très peu étudié dans la littérature.
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Dates and versions

pasteur-01375130 , version 1 (02-10-2016)

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Cite

Wasfi Fares, Dorra Rezig, Ahlem Ben Yahia, Henda Touzi, Zina Meddeb, et al.. [Genetic variability of type 3 echoviruses].. Annales de Biologie Clinique, 2012, 70 (2), pp.189-198. ⟨10.1684/abc.2012.0688⟩. ⟨pasteur-01375130⟩

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